キサントプロテイン反応はタンパク質に濃硝酸を反応させ、ベンゼン環にニトロ基を結合させる反応です。この反応ではタンパク質は黄色になります。そこにNaOHやアンモニアなどを加えて塩基性条件にすると橙黄色になります。
キサントプロテイン反応は主にチロシンによって起こります。チロシンは下の図のようにニトロ基が結合します。
これにNaOHなどを加えると、-OHからH+が電離し、キノン構造が出現します。このキノン構造は特有の吸収スペクトルを持ち、キノン系の化合物の多くは橙色になります。
アルカリ性では構造が変化してしまうんだね!