ヨウ素デンプン反応は、デンプンのらせん構造にヨウ素が入り込んで色がつく反応です。しかし、一律に同じ色がつくわけではなく、デンプンのらせん構造の長さによって吸収スペクトルが異なります。吸収スペクトルが異なると、色が異なってきます。
アミロースは直鎖状の枝分かれなしのデンプンであり長いらせん構造を持っています。一方、アミロペクチンとグリコーゲンは枝分かれが多く直鎖状部分はそれほど長くありません。その結果、それぞれの吸収スペクトルに違いが生じ、結果として色の違いが出ます。
アミロースは青紫色に、アミロペクチンとグリコーゲンは赤紫色になるよ!